瑜伽Yoga學派，或稱為唯識派Vijn~a^nava^^din，是以彌勒Maitreya、無著Asan%ga 、世親Vasubandhu所造的論典──『瑜伽師地論』，『顯揚聖教論』，『辯中邊論』 ，『分別瑜伽論』，『大乘莊嚴經論』，『攝大乘論』，『大乘阿毘達磨集論』，『唯識三十論 』，『唯識二十論』等論為宗依的學派。瑜伽學派所依的經典，主要為『解深密經』與『阿毘達 磨大乘經』。在這些經論中，『阿毘達磨大乘經』與『分別瑜伽論』，沒有譯為漢文（原本現已 佚失）。除了『大乘莊嚴經論』，是唐波羅頗蜜多羅Prabha^karamitra譯出以外，其餘的都 有唐玄奘的譯本。早在西元五世紀上半，北涼（西元四一四──）曇無讖Dharmaraks!a所譯 的『地持經』十卷，宋（西元四三一）求那跋摩Gun!avarman所譯的『菩薩善戒經』九卷， 就是『瑜伽師地論』『本地分』的『菩薩地』的異譯。宋（西元四三六──四五三）求那跋陀羅 Gun!abhadra所譯的『第一義五相略集』一卷，『相續解脫經』二卷，是『解深密經』的一 [P186] 部分，從『瑜伽師地論』『攝決擇分』中節錄出來的。可見瑜伽派的根本經論──『解深密經』 與『瑜伽師地論』，在西元五世紀上半，已部分的傳來中國了，但對中國佛教的影響，似乎並不 太大！到西元六世紀上半，菩提流支Bodhiruci、佛陀扇多Buddhas/a^mti、勒那摩提 Ratnamati、瞿曇般若流支Prajn~a^ruci等，到中國北魏來，譯出了與無著、世親有關的論典。 世親的『十地經論』，以菩提流支為主，勒那摩提、佛陀扇多相助而譯出。當時意見不一致，所 以有各別譯出而合為一部的傳說(1)。這部論受到當時的重視，傳承宏揚，成為「地論宗」。這幾 位譯師所譯的，如『十地經論』，『法華經論』，『金剛般若波羅蜜經論』，『大乘寶積經論』 、『勝思惟梵天所問經論』等，都與無著、世親有關，重於菩薩大行的釋經論。雖然，菩提流支 譯出了『深密解脫經』（『解深密經』的異譯）五卷，佛陀扇多譯出了『攝大乘論』二卷，瞿曇 般若流支譯出了（二十）『唯識論』一卷，但對於瑜伽學派，分別抉擇甚深法義的宗經論，顯然 譯出是不充分的，所以法義也不夠明確。『究竟一乘寶性論』，也是菩提流支與勒那摩提譯的， 所以「地論宗」，尤其是傳承勒那摩提的「地論南道」，與『寶性論』的思想極為接近。同時而多 少遲一些，真諦Parama$rtha到達中國的南方，在梁、陳間（西元五四九──五六七），譯出 了『攝大乘論』三卷，『攝大乘論（世親）釋』十五卷，是真諦所傳唯識學的要典，所以有「攝 論宗」的傳宏。真諦所譯的，還有『解節經』一卷，是『解深密經』的「勝義了義」部分。『決 [P187] 定藏論』三卷，是『瑜伽師地論』『攝決擇分』中的『五識身相應地』與『意地』的異譯。『十 七地論』五卷，是『瑜伽師地論』『本地分』的異譯；但當時沒有全部譯出，早已佚失。『三無 性論』一卷，是『顯揚聖教論』『成無性品』的別譯。『中邊分別論』一卷，是『辯中邊論』的 異譯；『十八空論』一卷，是『中邊分別論』的部分注釋。『轉識論』一卷，是『唯識三十論』 的釋論。『大乘唯識論』一卷，是『唯識二十論』的異譯。真諦所譯的，比北方菩提流支等所譯 ，無疑的充分明確得多！真諦又譯出『無上依經』三卷，『佛性論』四卷，那是接近『寶性論』 思想的。西元七世紀中，唐玄奘從印度回來，從貞觀十九年（西元六四五），到龍朔元年（西元 六六一），譯出瑜伽、唯識學的大量經論。其中，『成唯識論』十卷，是玄奘所傳的精要所在， 所以稱玄奘所傳的為「唯識宗」。這部論，糅合『唯識三十論』的十家注釋所成，而其實是以護 法Dharmapa^la論義為正宗的，代表了印度的唯識學，在發展中所完成的思想。
在部派佛教中，尋求瑜伽唯識學的淵源，近於上座部Sthavira中的說一切有 Sarva^stiva^din──「三世有」系。說一切有系分裂為犢子部Va^tsi^putri^ya及其末派，與說一切 有部Sarva^stiva^din。從『大毘婆沙論』中，可以看出說一切有部中，有重論的阿毘達磨者 abhidha^rmika，也就是一般所說的說一切有部；重經的譬喻者da^rs!t!a^ntika，如法救 Dharmatra^ta，覺天Buddhadeva等。從論師系又分出說轉部Sam!kra^ntiva^din。說轉部 [P188] 立「勝義補特伽羅」parama$rtha-pudgala，與立「不可說我」anabhila^pya-pudgala的犢子 部等，都是「我法俱有」的；說一切有部是「法有我無」的。西元三世紀初，譬喻師捨棄了「三 世有」說，改宗（大眾部與分別說部的）「現在有」而過未無說，演化為著名的經部Su^trava^din 譬喻師。經部的一項重要思想，是種子bi^ja或習氣va^sana^說。瑜伽唯識學所說的 法相，是廣義的說一切有，而依「現在有」立種子說，與經部的關係更密切。如世親的『大乘成 業論』，對於業karman力，取種子說，更進一步的說：「一類經為量者」，立「異熟果識具 一切種子」；有「集起心」與「種種心」，引『解深密經』(2)，就是大乘瑜伽論師。瑜伽大乘的 興起，已經是大乘佛教的後期，所以面對初期大乘的一切法空sarvadharma-s/u^nyata^，一切 法無自性sarvadharma-nih!svabha^va說，後期大乘的如來藏tatha^gata-garbha、佛性 buddha-dha^tu，buddha-garbha說，從說一切有，特別是經部的思想，接受而解說他。對於初 期大乘，如『大般若經』等空無自性說，從「說有」的立場，給以善巧的再解說，如『解深密經 』的『一切法相品』、『無自性相品』所說(3)。對於後期大乘，眾生本有如來藏、佛性說，也給 以善巧的再解說，如依『阿毘達磨大乘經』而造的『攝大乘論』，引述『阿毗達磨大乘經』說： 「法有三種：一、雜染分，二、清淨分，三、彼二分」，引「金、土、（礦）藏為喻」，來說明 遍計所執性parikalpita-svabha^va、圓成實性parinis!panna-svabha^va，依他起性para-tantra-svabha^va [P189] ──三性(4)。因此，依他起性的定義，除了一般的「依他熏習種子而生起」以外，又有「雜 染清淨性不成故」(5)，作為眾生與佛的共同依止性。『解深密經』是繼承經部的『瑜伽師地論』 所宗；『阿毗達磨大乘經』中圓熟的唯識思想，代表了大乘不共的唯識學，是『攝大乘論』所宗 依的。『瑜伽論』說：阿賴耶a^laya是「一切種子所隨依止性，所隨依附依止性，體能執受， 異熟所攝阿賴耶識」(6)；「由八種相，證阿賴耶識決定是有」，說「諸識俱轉」，是重於阿賴耶 現行識的(7)。『唯識三十論』也是這樣，所以說三種（能）變。『攝大乘論』重於阿賴耶識為種 子性；依阿賴耶為種子而現似一切，所以有「一能變」說。瑜伽唯識學系，對廣義的說一切有， 取捨不同：或立本有種子，或說種子由熏習而有；或說依心現似心所，或說心所別有；依他起性 ，或重從種子生，或重於雜染清淨性不成；或立無漏依他起（正智是依他起性） ，或說無漏是圓 成實，所以立「四種清淨」。雖有種種異說，但大義是一致的；對如來藏的解說，也是一致的。 真諦所傳譯的，是瑜伽唯識學，而有折衷如來藏學的傾向，所以要分別的加以論究。
註【22-001】『開元釋教錄』卷六（大正五五•五四０下）。
註【22-002】『大乘成業論』（大正三一•七八四中──下）。
註【22-003】『解深密經』卷二（大正一六•六九三上──六九七中）。
註【22-004】『攝大乘論本』卷中（大正三一•一四０下）。
[P190]
註【22-005】『攝大乘論本』卷中（大正三一•一三九下）。
註【22-006】『瑜伽師地論』卷一（大正三０•二八０中）。
註【22-007】『瑜伽師地論』卷五一（大正三０•五七九上──中）。
唯識學派Vijn~a^nava^^din有關如來藏tatha^gata-garbha的見解，試分別的加以論究。
一、「如來藏」：如來藏是什麼？是依什麼意義而說的？『寶性論』約三義說──「佛身遍 」，「無差別」，「如來（佛種）性」。在這三義中，唯識學者但約「無差別」說，如「大乘莊 嚴經論』卷三（大正三一•六０四下）說：
「一切無別故，得如清淨故，故說諸眾生，名為如來藏」。
「一切眾生，一切諸佛等無差別」，無二無別，所以名為真「如」tathata^。世親 Vasubandhu的『攝大乘論釋』也說：「自性本來清淨，即是真如，自性實有，一切有情平等共相 ；由有此故，說一切法有如來藏」(1)。真如是圓成實自性parinis!panna-svabha^va的別名。 真如是實有自性的；本來清淨的；是一切有情的平等共相（無差別相），也就是生佛不二的。無 差別的真如性，遍於一切眾生，所以說「一切眾生有如來藏」，這是如來藏說的本義。真如是遍 [P191] 於一切法的，所以說「一切法有如來藏」，這應該是唯識學者的新義。也許「眾生有如來藏」， 無論怎樣解說，總不免帶點神我a^tman的意味，所以雖然真如是「一切有情平等共相」，卻 說為「一切法有如來藏」！一切眾生或一切法有「如」性，為什麼說有「如來」藏呢？tatha^gata ，或譯如來、如去，是契入如、如顯現的意義。契入如或顯現如，約究竟說，就是如來──佛的 異名。佛是如性究竟顯現清淨的，眾生是沒有清淨顯現的，這就是真如（圓成實性）的離垢清淨 與自性清淨。然而這到底是約世俗安立說的，如約真如自性（勝義），那是無所謂契入不契入， 顯現不顯現的。真如離能所，所以約真如自性說，眾生如與如來如，沒有任何差別可說。那末， 一切眾生有「如」性，一切法有「如」性，也就可說有「如來」了。依世俗安立說，眾生雖可說 有「如來」，而還沒有能離障清淨，隱而未顯，如胎兒在胎藏garbha中一樣；依於這一意義 ，所以說為「如來藏」。
二、「我」：「我者，即是如來藏義；一切眾生悉有佛性，即是我義」(2)。如來藏 tatha^gata-garbha，佛性buddha-dha^tu，buddha-garbha，都就是我a^tman，這是『大般涅 槃經』，『央掘魔羅經』所明確說到的。如來有常、樂、我、淨──四種功德；如來的「我」德 ，是一切如來藏經論所說到的，而如來藏，佛性就是我，在唯識學派中，說得多少含蓄一點，其 實也還是說到了的。『大乘莊嚴經論』卷三（大正三一•六０三下）說： [P192] 「清淨空無我，佛說第一我；諸佛我淨故，故佛名大我」。
漢譯的『究竟一乘寶性論』，也引證了這一偈：「如清淨真空，得第一無我；諸佛得淨體， 是名得大身」(3)。梵、藏本沒有這一偈。『佛性論』也引此偈說：「二空已清淨，得無我勝我； 佛得淨性故，無我轉成我」(4)。這一偈，在『大乘莊嚴經論』中，是說無漏法界dharma-dha^tu 的大我maha^tman相。「如」是空性清淨s/u^nyata^ vis/uddha；空性是無我naira^tmya ，沒有眾生妄執的神我，而無我空性，正就是佛所得的最勝我。如『論』釋說：「第一無我， 謂清淨如，彼清淨如即是諸佛我自性。……由佛此我最得清淨，是故號佛以為大我」(5)。如清淨 空性，唯識學者是解說為（如來藏）我的；佛證得最清淨法界（真如），所以佛可以稱為大我。
真如法界是佛與一切眾生無差別的平等共相，既然是「諸佛我自性」，當然也是菩薩、一切 眾生的我自性。『大般若經』『初分』『學觀品』：「實有菩薩，不見有菩薩，……由不見故， 不生執著」(6)。唯識學者依據這一段文字，解說為對治「十種散動分別」。『般若經』一向說「 菩薩不可得」，「不見有菩薩」，「菩薩但有名字」，而「學觀品』卻說「實有菩薩」，這是什 麼意義？玄奘譯『攝大乘論（世親）釋』卷四（大正三一•三四二下）解說為：
「此中無相散動（十種散動之一）者，謂此散動，即以其無為所緣相。為對治此散動故。 般若波羅蜜多經言：實有菩薩。言實有者，顯示菩薩實有空體；空即是體，故名空體」。 [P193]
玄奘所譯的，可以解說為菩薩的實有空體。其實，這是說：菩薩以真如空性為自體。如真諦 Parama$rtha所譯『攝大乘論釋』說：「由說實有，顯有菩薩以真如空為體」(7)。無性 asvabha^va『釋論』也說：「謂實有空為菩薩體」(8)。可見「實有菩薩」的意義是：真如空是菩薩 實體。菩薩沒有世俗的神我，卻有勝義的真我。如來藏約真如無差別說，我也是約真如說。佛可 說為大我，菩薩可說「實有菩薩」，眾生當然也可說「實有眾生」。不過後代的唯識學者，大都 避而不談，儘量避免以真如為「我自性」的意義。
唯識學的本義，是以真如空性解說「如來藏我」的，還有可以證明的，如『大乘莊嚴經論』 卷二（大正三一•五九六上）說：
「佛體平等，由法界與我無別，決定能通達故」。
佛以最清淨法界為自體，以法界與我的無差別，說明佛自體的平等，「我」正是法界的「大 我相」。『顯揚聖教論』也說到了「大我」，如(9)說：
1.「廣大阿世耶者，謂大我阿世耶及廣普阿世耶。大我阿世耶者，謂諸菩薩由得自他平等 解故，為諸有情皆得解脫清淨信欲。廣普阿世耶者，謂諸菩薩於流轉寂滅得無分別平等 解故，為利有情二俱不住清淨信欲」。 2.「是大我意樂，於自性無得；廣意樂當知，二性無分別。論曰：當知此平等心性，即是 [P194] 大我阿世耶，及廣大阿世耶。於遍計所執自性無所得故；於有漏無漏二性，過失功德亦無 所得，由無分別故」。
阿世耶a^s/aya譯為「意樂」，這裏的二種意樂，就是「清淨信欲」。依第一則，理解有 情的自他平等，發起一切有情同得解脫的意樂（與「同體大悲」的意義相同），名為大我阿世耶 ，大我約一切有情的「自他平等」說。依第二則，（唯識宗依心立我）「平等心性」是通達遍計 所執自性parikalpita-svabha^va無所得，也就是心空性。每一有情的「我自性」，是平等無差 別的，但有情不能通達，迷著虛妄的神我。菩薩能通達自他平等，起大我意樂。佛能圓滿證得法 界（我）平等，遍法界身以法界為自體，就是佛的「大我相」。『顯揚聖教論』卷一二（大正三一 •五三九上──中）又說：
「五、究竟不可見故，如言內我之體，有何相貌而常恆不變自性正住？……如於語相違難 ，隨順會通，如是於不定顯示難，究竟不可見難，亦爾」。
論文是解釋從經文引起的疑難。疑難共有五類，「究竟不可見難」是第五難。自「內我」， 怎麼說也都不是的。沒有相可說，怎麼知道有自體？知道是「常恆不變自性正住」呢？依論說， 這應該隨順會通。佛經所說的，有的「語相違」，前說與後說不合。有的「不定顯示」，對於同 一內容，以種種異門來說明。對於「語相違」、「不定顯示」所引起的疑難，應該「隨順會通」 [P195] 。「隨順會通」，是隨順無顛倒解，如理的正義為準繩，依此如實法義來會通經說。常恆不變的 自內我，難以說明，引起學者的疑難，唯識學者是依真如平等空性來解說會通的。
三、心性本淨：citta-prakr!ti-prabha^svarata^，譯為心本性淨，心性本淨，或譯為自性清淨 心。源出『增壹阿含經』，為『般若』等大乘經所採用。初期大乘經，多說一切法本性淨，一切 法本性空，表示法界dharma-dha^tu、真如tathata^的意義；心性淨只是法性淨中之一。 後期大乘經，傾向唯心cittama^trata^說，心為一切法的所依，多說心性本淨。法界清淨與心性 本淨，有了同樣的意義，如來藏經典也就多說自性清淨心。唯識者對於心性本淨的見解，如『大 乘莊嚴經論』卷六（大正三一•六二二下──六二三上）說：
「譬如清水濁，穢除還本清；自心淨亦爾，唯離客塵故」。「已說心性淨，而為客塵染， 不離心真如，別有心性淨」。
『論』文以水的清濁，來比喻「自心淨」svacitta-s/uddha。水有垢濁與清淨的；除去垢 濁所得的清淨水，「清（淨）非外來」，水的清淨性是本來如此的。這正如方便修行，除去客塵 ，顯心的清淨，也是「淨非外來，本性淨故」。從雜染心而轉為清淨，顯出的心清淨性本來如此 ，與真如的自性清淨，離垢清淨，意義完全一樣。所以，所說的自心本淨，約心的真如性 citta-tathata^說，並非說虛妄分別abhu^ta-parikalpa的有漏心識是清淨的。對於心清淨，『莊 [P196] 嚴論』解說為：「如是心性自淨，而為客塵所染，此義已成。由是義故，不離心之真如，別有異 心，謂依他相，說為自性清淨。此中應知說心真如，名之為心，即說此心為自性清淨，此心即是 阿摩羅識」(10)。自性清淨的心，是心真如，梵本作法性心dharma-citta；真如心與法性心， 意義是相同的。總之，自心清淨，約無差別的真如說，與如來藏、我的約真如說，意義相同。『 成唯識論』卷二（大正三一•九上）說：
『然契經說心性淨者，說心 空理所顯真如，真如是心真實性故，或說心體非煩惱故名性本 淨，非有漏心性是無漏，故名本淨』。
對於心性本淨，『成唯識論』有二說：一、約心空理所顯真如說，與『莊嚴論』所說的相同 。二、約心體非煩惱說，是採取了說一切有Sarva^stiva^din系的見解，如『阿毘達磨順正理 論』卷七二（大正二九•七三三中──下）說：
「此經依何密意？依本客性，密作是說：謂本性心必是清淨，若客性心容有染污。本性心 者，謂無記心，非慼非欣任運轉位，諸有情類多住此心，一切位中皆容有故。此心必淨， 非染污故。客性心者，謂所餘心，非諸有情多分安住，亦有諸位非皆容有，斷善根者必無 善心，無學位中必無染故。……如是但約心相續中，住本性時說名為淨，住客性位容暫有 染」。 [P197]
依說一切有部說：心識的本性，是中容的無記性，與善或不善心所相應，名為善心、不善心 。善心與不善心，是相應善，相應不善，而心的自性是無記的，所以善與惡是心的客性。心的本 性是無記，不是染污性，所以說「心體非煩惱故名性本淨」。後一說，是通於有漏心的，也許是 『阿含經』的本意，但在大乘經中，心性本淨應該是約心真如說的。『成唯識論』的識本性無記 說，也是繼承『瑜伽師地論』的，如卷五四（『攝決擇分』）（大正三０•五九五下）說：
「又復諸識自性非染，由世尊說一切心性本清淨故。所以者何？非心自性畢竟不淨，能生 過失，猶如貪等一切煩惱。亦不獨為煩惱因緣，如色受等，所以者何？以必無有獨於識性 而起染愛，如於色等」。
一切識自性非染污，不是煩惱。如識不與煩惱相應，識不能獨為煩惱的因緣；如於識而起染 愛，那是識與煩惱俱起的關係。約識自性非染污來解說心性本淨，正合於識本性無記的意義。『 瑜伽論』說「淨識」，都指無漏識，與心性本淨不合。『莊嚴經論』的漢譯本說：「此心（真如 ）即是阿摩羅識」，梵文本沒有這一句。阿摩羅識amala-vijn~a^na譯義為無垢識，是真諦所傳 唯識學所一再提到的，可能是傳譯時，綴文、證義者，受到真諦學影響而附加進去的！
心性是依心真如性說的。心性本淨，是與客塵煩惱相對稱的。在大乘法中，心性依心真如說 ，所以心性清淨，就是真如或法界清淨。聖者內自所證的真如或法界，其實是非染非淨的，所以 [P198] 從勝義（聖智自證）的立場，『大乘莊嚴經論』卷三（大正三一•六０三下）說：
「如前後亦爾，及離一切障，非淨非不淨，佛說名為如」。
「釋曰：此偈顯示法界清淨相。如前後亦爾者，所謂非淨，由自性不染故。及離一切障者 ，所謂非不淨，由後時客塵離故。非淨非不淨，佛說名為如者，是故佛說：是如非淨非不 淨。是名法界清淨相」。
法界、真如無差別，無變異，是非淨非不淨（也可說非染非不染），沒有淨不淨可說的。清 淨是對雜染說的，真如是前後一如，本來如此，實在無所謂清淨；不過從離客塵雜染所顯來說， 真如也可說非不淨的。唯識學者依世俗說勝義，對於勝義──真如、法界，是從世俗安立去闡明 的。如直從勝義（非安立）說，那是超越於相對界，非分別名相所及，有什麼淨不淨呢！
真如非淨非不淨，『辯中邊論』卷上（大正三一•四六六中）也說：
「此若無雜染，一切應自脫；此若無清淨，功用應無果」！「非染非不染，非淨非不淨， 心性本淨故，由客塵所染」。
『辯中邊論』說：真如、法界等，是「空性異門」，約不同意義來表示空性，所以有不同名 字，而內容是相同的。成立「空性差別」──有垢與無垢的差別，所以說了上面二頌。雜染與清 淨，是佛法化世的根本論題；染淨相對的意義，是不可能沒有的，一定要肯定這雜染與清淨的事 [P199] 實，因此空性就有了有垢位與無垢位的差別。然依空性──真如、法界自性來說，實在是「非染 非不染，非淨非不淨」的。不過，說空性、真如是「非染非不染，非淨非不淨」，還是依雜染與 清淨而說的，所以，約「心性本淨」，說非染非不染；約「客塵所染」，說非淨非不淨。這與說 「非空非不空」一樣，都是依世俗說勝義，而不是直就勝義的超越說。『辯中邊論』說：「有情 及法俱非有故，彼染淨性亦俱非有；以染淨義俱不可得，故染淨品無減無增」(11)。可見說「法界 本淨」，「心性本淨」，都不過觀待世俗的雜染性而說。
四、種性：如來藏，我，心性本淨──自性清淨心，唯識學者是約真如性說的。如來種性 tatha^gata-gotra，佛種性buddha-gotra，唯識學約菩薩所有的成佛種子bi^ja說， 這是與『寶性論』如來藏學最大的差別所在。『瑜伽師地論』（『菩薩地』）卷三五（大正三０•四 七八下）說：
「云何種性？謂略有二種：一、本性住種性，二、習所成種性。本性住種性者，謂諸菩薩 六處殊勝，有如是相，從無始世展轉傳來，法爾所得，是名本性住種性。習所成種性者， 謂先串習善根所得，是名習所成種性」。 「又此種性，亦名種子，亦名為界，亦名為性」。
依『論』說，種子bi^ja，界dha^tu，性prakr!ti，都是種性gotra的名字差別 [P200] 。不同的名字，解說為同一內容，都是種子的別名。『瑜伽論』『聲聞地』也這樣說(12)。『大乘 莊嚴經論』也說：「性種及習種，所依及能依，應知有非有，功德度義故」(13)。菩薩種性，有性 種性──本性住種性prakr!ti-stha-gotra，習（所成）種性samuda^^ni^ta-gotra。本性住種 性，是無始以來法爾而有的；習所成種性，是經過不斷的熏習而成就的。這二類，是本有的，及 經不斷熏習而功能增勝的種子。『莊嚴論』所說，與『瑜伽論』所說相同。種性、種子是什麼意 義？種子是有因體而還沒有果體──「有非有」，所以是可能性，可能生起果法的潛能。因為能 出生菩薩功德，所以名為菩薩種性。種性是「功德度義」，能出生功德的意義；種性雖是種子的 異名，但種性專約能生無漏功德說。無漏功德有三乘差別，不同的無漏功德，從不同的種子生， 所以唯識學立五種種性：一、聲聞s/ra^vaka種性；二、獨覺pratyeka-buddha種性；三、 如來tatha^gata種性；四、不定aniyata種性，有多種無漏種子，雖隨緣修證二乘聖果，而 可以迴小入大；五、無種性a-gotra，沒有三乘無漏種子，怎麼也不能發生無漏功德，證入聖 果。種子是多種差別的，所以唯識學立「五性各別」，「三乘究竟」而不是唯一佛乘的。
『瑜伽論』『本地分』，『莊嚴經論』，立本有的本性住種性，而『攝大乘論』，立種子從 熏習va^sana^而有的新熏說，如『攝大乘論本』卷上（大正三一•一三六中──下）說：
「云何一切種子異熟果識為雜染因，復為出世能對治彼淨心種子？又出世心，昔未曾習， [P201] 故彼熏習決定應無，既無熏習，從何種生？是故應答：從最清淨法界等流，正聞熏習種子 所生。……此聞熏習，隨在一種所依轉處，寄在異熟識中，與彼和合俱轉，猶如水乳，然 非阿賴耶識，是彼對治種子性故」。
依『攝論』說，依止阿賴耶a^laya識的內種子，一定是從熏習而有的，所以說：「外（種 子）或無熏習，非內種應知」(14)。佛菩薩的無漏功德，是出世心，一定是從種子生的。眾生從無 始以來，不曾有過無漏清淨法現行，也就不可能有熏習所成的無漏種子；沒有無漏種子，最初的 出世無漏清淨心，從那裏生起呢？『攝論』說：是從「最清淨法界等流，正聞熏習種子所生」的 。佛盡離一切障，所以佛證無漏法界，是最清淨的。從佛自證的最清淨法界，應機而流出的「經 等教法」，在四種圓成實自性parinis!panna-svabha^va中，名為「生此境清淨，謂諸大乘妙正 法教。由此法教清淨緣故，非遍計所執自性；最淨法界等流性故，非依他起自性」(15)。佛的教法 ，從佛自證法界等流而有的。眾生聽聞正法的耳識與意識，雖是有漏的世間心。但聽聞正法教， 能在眾生心中，引發趣向清淨出世的動力，所以正聞熏習所成的，名為正聞熏習種子。正聞熏習 力漸漸增盛，能生無漏出世心。三乘的無漏功德，都從正聞熏習生，所以雖本來沒有無漏種子， 而清淨無漏法，卻有緣而能夠生起。正聞熏習是寄在阿賴耶識中的，依阿賴耶而有對治阿賴耶識 的作用，所以不是阿賴耶識自性，是圓成實自性所攝，法身dharma-ka^ya、解脫身vimuktika^ya [P202] 所攝。唯識學對出世無漏法的生起，有本有說、新熏說二流（『成唯識論』綜合而加以會 通），而都是以種子為種性的，約不定種性而說會三歸一的。
與『攝大乘論』相契合的，是『瑜伽師地論』的『攝決擇分』，如卷五二（大正三０•五八九上 ──中）說：
「諸出世間法，從真如所緣緣種子生」。 「若於通達真如所緣緣中，有畢竟障種子者，建立為不般涅槃法種性補特伽羅；若不爾者 ，建立為般涅槃法種性補特伽羅。若有畢竟所知障種子，布在所依，非煩惱障種子者，於 彼一分建立聲聞種性補特伽羅，一分建立獨覺種性補特伽羅。若不爾者，建立如來種性補 特伽羅」。 「若出世間諸法生已，即便隨轉，當知由轉依力所任持故。然此轉依與阿賴耶識，互相違 反，對治阿賴耶識，名無漏界，離諸戲論」。
種子與種性，『瑜伽論』是作為同一內容的，但種性約能生無漏功德法說。能生無漏出世間 法的，是般涅槃法種性parinirva^n!a-dharma-gotra，就是三乘聖種性；不能生起無漏出世法 的，是不般涅槃種性a-pari-nirva^n!a-gotra，也就是無種性人。出世間法從什麼種子生起呢 ？「從真如所緣緣種子生」，與『攝論』的「從最清淨法界等流正聞熏習種子所生」，意義是相 [P203] 通的。『攝論』約大乘種性說；大乘的正法教，是最清淨法界等流，圓成實性所攝。大乘法教是 「生此能證菩提分法所緣境界」(16)，所以名為「生此境清淨」，這就是「從真如所緣緣」的意義 。從聽聞大乘法教，成聞熏習種子，漸漸增勝而能引生無漏出世間法，聞熏習──真如所緣緣種 子，不屬於阿賴耶識，而能對治阿賴耶識，與法界（真如）相應，名無漏界。依『攝論』，這是 法身、解脫身所攝的。『瑜伽師地論』卷八０（大正三０•七四七下）又說：
「諸阿羅漢實有轉依，而此轉依與其六處，異不異性俱不可說。何以故？由此轉依，真如 清淨所顯，真如種性，真如種子，真如集成，而彼真如與其六處，異不異性俱不可說」。
三乘聖者的般涅槃，是以轉依a^s/raya-para^vr!tti為體的。捨雜染分而轉化為清淨分；離 遍計所執性，捨雜染依他起性，體悟圓成實性而得依他起性清淨分，名為轉依。從法界等流而起 的聞熏習，使雜染力減而清淨功能增長，也可以名為轉依──「損力益能轉」，但主要是體悟真 如，出世無漏心現前，到達究竟清淨。所以『論』上說：轉依是「真如清淨所顯」 tathata^vis/uddhi-prabha^vita，以離垢真如為體的；「真如種性」tathata^-gotraka、「真如種子」 tathata^-bi^jaka，以真如所緣緣而熏成聖種性的；「真如集起」tathata^-samuda^gata，依 真如而集成一切功德的。轉依是離一切戲論的，不離有情自體──六處，也不就是六處，所以不 是名相分別所能擬議的。 [P204]
瑜伽唯識學者，以種子來解說種性，與如來藏學不同。然推究起來，『瑜伽論』『本地分』 的本性住種──本有無漏種子，實在就是「一切眾生有如來藏」；對當時大乘經的如來藏說，從 緣起論的立場，給以善巧的解說，以種子來解說種性。如『瑜伽師地論』(17)說：
1.『聲聞地』：「今此種姓以何為體？答：附在所依有如是相，六處所攝，從無始世展轉 傳來，法爾所得」。 2.『菩薩地』：「謂諸菩薩六處殊勝，有如是相，從無始世展轉傳來，法爾所得，是名本 性住種」。
無漏種子是附在所依中的，種子是能依a^s/rita，有情自體──六處s!ad!-a^yatana是所 依a^s/raya。『菩薩地』的異譯，『菩薩善戒經』譯作：「言本性者，陰界六入次第相續，無 始無終，法性自爾，是名本性」(18)。「六處殊勝」，後代唯識學者解說為第六意處──阿賴耶識 a^layavijn~a^na，其實只是（五）陰（六）界六入（處）的簡說。陰界六入是有情自體，在陰界 六入──有情身中，是舊義；在阿賴耶識中，是唯識學的新義。為什麼名為阿賴耶識？『解深密 經』以為：「由此識於身，攝受藏隱，同安危義故」(19)。「身」是根身六處的總名，阿賴耶識與 「身」，是不相離的，所以古義的依附（陰界）六處，唯識學中轉為依附阿賴耶識，只是著重本 識，而不是與依附六處相違反的。能生無漏法的種性，在有情身中──六處或陰界六處中，與如 [P205] 來藏說是相同的，如(20)說：
1.『無上依經』：「云何如來為界不可思議？阿難！一切眾生有陰界入，勝相種類，內外 所現，無始時節相續流來，法爾所得至明妙善」。 2.『勝天王般若經』：「云何法性不可思議？佛言：大王！在諸眾生陰界入中，無始相續 ，所不能染，法性體淨」。『大般若經』：「如來法性，在有情類蘊界處中，從無始來 展轉相續，煩惱不染，本性清淨」。 3.『入楞伽經』：「如修多羅說：如來藏自性清淨，具三十二相，在於一切眾生身中，為 貪瞋癡不實垢染，陰界入衣之所纏裹」。
如來藏──如來界，如來性在有情的蘊界處中，為無漏功德法的根源，是如來藏契經的本義 。印度的『奧義書』中說：「識所成我，梵也。……識為一切之因，識者梵也」；「依名色而開 展，我入於名色而隱於其中」(21)。梵我──識入於名色中，不就是「如來藏自性清淨，……入於 一切眾生身中」嗎(22)？如來藏我，是深受印度神學影響的。唯識學者沒有忘卻佛法的根本立場， 所以以生滅相續的種子，說本有的無漏功能，以阿賴耶妄識，說識與根身藏隱同安危，巧妙的解 說了如來藏我，而脫卻了如來藏我的神學色采，這就是唯識學的種性說。
一切眾生本有無漏種子，而無漏種子非虛妄分別識自性，多少還有本有如來藏的形跡。也許 [P206] 為了這樣，『瑜伽論』『攝決擇分』，『攝大乘論』改取了新熏說。但新熏無漏種，是「法界等 流聞熏習」，「真如所緣緣種子」，「真如種子」，與法界及真如，有了不可離的關係。在唯識 學中，真如是有情、菩薩、如來的真實我體，那新熏的無漏法種，又有了依「我」而現起的意義 。在後期大乘時代，唯心論而要泯絕梵我論的影響，也真還不容易呢！
註【23-001】『攝大乘論釋』卷五（大正三一•三四四上）。
註【23-002】『大般涅槃經』卷七（大正一二•四０七中）。
註【23-003】『究竟一乘寶性論』卷三（大正三一•八二九下）。
註【23-004】『佛性論』卷二（大正三一•七九八下）。
註【23-005】『大乘莊嚴經論』卷三（大正三一•六０三下）。
註【23-006】『大般若波羅蜜多經』卷四（大正五•一七中──下）。
註【23-007】『攝大乘論釋』卷五（大正三一•一八九下）。
註【23-008】『攝大乘論釋』卷四（大正三一•四０五中）。
註【23-009】1.『顯揚聖教論』卷三（大正三一•四九三下）。2.『顯揚聖教論』卷一七（大正三一•五六二中）。
註【23-010】『大乘莊嚴經論』卷六（大正三一•六二三上）。
註【23-011】『辯中邊論』卷下（大正三一•四七五下）。
[P207]
註【23-012】『瑜伽師地論』卷二一（大正三０•三九五下）。
註【23-013】『大乘莊嚴經論』卷一（大正三一•五九四中──下）。
註【23-014】『攝大乘論本』卷上（大正三一•一三五中）。
註【23-015】『攝大乘論本』卷中（大正三一•一四０中）。
註【23-016】『攝大乘論釋』卷五（大正三一•三四四上）。
註【23-017】1.『瑜伽師地論』卷二一（大正三０•三九五下）。2.『瑜伽師地論』卷三五（大正三０•四七八下）。
註【23-018】『菩薩善戒經』卷一（大正三０•九六二下）。
註【23-019】『解深密經』卷一（大正一六•六九二中）。
註【23-020】1.『無上依經』卷上（大正一六•四六九中）。2.『勝天王般若波羅蜜經』卷三（大正八•七００下）。『
大般若波羅蜜多經』（第六分）卷五六九（大正七•九三六下）。3.『入楞伽經』卷三（大正一六•五二
九中）。
註【23-021】『愛陀賴耶奧義書』（三•三）。『布列哈德奧義書』（一，四，七）。
註【23-022】『楞伽阿跋多羅寶經』卷二（大正一六•四八九上）。